Juupajoen seisake on perustettu vuonna 1998 lähelle kuntakeskusta. Näillä tienoin lienee aiemmin ollut Myllylän seisake. Juupajoen varsinaisen rautatieaseman, pari kilometriä pohjoiseen sijaitsevan Korkeakosken henkilöliikennen loppui vuonna 1990, ja asema on siirtynyt yksityiskäyttöön.